U predmetima Aleksovski (IT-95-14/1), Blaškić (IT-95-14), Bralo (IT-95-17), Kordić i Čerkez (IT-95-14/2), Naletilić i Martinović (IT-98-34) i Rajić (IT-95-12) sudska vijeća MKSJ-a utvrdila su da je tijekom razdoblja od siječnja 1993. do travnja 1994. postojao smišljeni progon bosanskih Muslimana s teritorija HZ(R) HB i njihovo podjarmljivanje. Taj progon je poprimao najekstremnije oblike koji su uključivali bezobzirne napade na gradove i sela uz istovremeno razaranje, pljačku, zlostavljanja, silovanja, ranjavanja i protupravna zatočavanja koja su izvodili pripadnici HVO-a.
U navedenim predmetima sudska vijeća su utvrdila da su zločini u ovim predmetima počinjeni u kontekstu oružanog sukoba između bosanskih Muslimana i Hrvata, ali prije svega u okviru međunarodnog oružanog sukoba. U paragrafu 28b, presude Raspravnog vijeća u predmetu Blaškić, donesenu 3. ožujka 2003. godine, Sud se izjasnio da se Republika Hrvatska nije zadovoljila samo s ulogom promatrača, niti da ostvari zaštitu svojih granica, štoviše ona je intervenirala u sukob između bosanskih Muslimana i Hrvata. Snage Hrvatske vojske borile su se zajedno s pripadnicima HVO-a protiv Armije BiH, a MKSJ je utvrdio da je politika HZ(R) HB, koja je uključivala i počinjenje zločina, vođena uz podršku Republike Hrvatske, planiranu iz Zagreba te kako je Republika Hrvatska imala sveobuhvatnu kontrolu nad snagama HVO-a te je pomagala u vođenju i koordinaciji ovih jedinica te da su se jedinice HVO-a borile za ciljeve Republike Hrvatske.
Presuda Raspravnog vijeća u predmetu Rajić (IT-95-12), optuženi se potvrdno izjasnio o krivnji (p 66.)
”Sve vrijeme na koje se odnosi izmijenjena optužnica, u Bosni i Hercegovini je postojalo stanje međunarodnog oružanog sukoba, pri čemu je Republika Hrvatska, kao nezavisna država, sa svojom vladom, oružanim snagama i predstavnicima sudjelovala u oružanom sukobu protiv bosanskih Muslimana na teritoriji Bosne i Hercegovine kao nezavisne države. Zločini navedeni u izmijenjenoj optužnici bili su počinjeni u kontekstu tog sukoba i bili su povezani s njim.”
Raspravno vijeće u odluci u predmetu Blaškić također je utvrdilo da su jedinice Hrvatske vojske (HV) viđane na mnogim mjestima na teritoriju Bosne i Hercegovine uključujući i dolinu rijeke Lašve gdje je počinjen najveći broj ratnih zločina u ovom sukobu. Dokumenti pokazuju da su mnogobrojni vojnici HV-a služili u HVO-u, a zapovjeđeno im je da skinu oznake HV-a i da ih zamijene oznakama HVO-a. Većina časnika HVO-a su ustvari bili časnici HV-a.
Primjer manipuliranja interpretacije karaktera oružanog sukoba u BiH
Premijer RH Andrej Plenković izjavio je 7. lipnja 2017. godine u Hrvatskom saboru da su “pripadnici HVO-a sudjelovali u obrambenom ratu i da im možemo biti zahvalni za ‘čuvanje leđa’’. O ratu za obranu BiH ni RH od strane HVO-a ne može se govoriti u razdoblju od siječnja 1993. do travnja 1994. MKSJ je u šest predmeta utvrdio kako je političko vodstvo Republike Hrvatske u tom razdoblju imalo ukupnu kontrolu nad snagama HVO-a i pomagalo u vođenju i koordinaciji ovih jedinica te je jasno utvrdio kako je između Republike Hrvatske i Bosne i Hercegovine postojao međunarodni sukob tako da se ne može govoriti o obrambenom karakteru rata. S obzirom na to da se sukob vodio na teritoriju BiH, djelovanje jedinica HVO-a koje su u tom razdoblju bile u sukobu s Armijom BiH ne predstavlja obranu već osvajačke tendencije tadašnjeg političkog vodstva RH i ugrozu teritorijalnog integriteta Bosne i Hercegovine. Osim toga jedinice HVO-a pod efektivnom kontrolom RH su provodile ubijanja, mučenja, silovanja, zlostavljanja civila i ratnih zarobljenika čime su bili instrumentalizirani u sukobu koji se nikako ne može okarakterizirati kao obrambeni rat.
Također, zbog utvrđivanja karaktera oružanog sukoba kao međunarodnog sudska vijeća su u donesenim presudama primijenila relevantne članke ženevskih konvencija u definiranju statusa zaštićenih osoba.
Presuda Žalbenog vijeća u predmetu Kordić i Čerkez (p.376 i 377.)
”Žalbeno vijeće konstatira da je razuman zaključak Raspravnog vijeća da je sukob između HVO-a i ABiH bio međunarodnog karaktera zbog toga što je Hrvatska imala sveukupnu kontrolu nad HVO-om. Hrvatska i Bosna i Hercegovina su se stoga mogle smatrati stranama u sukobu u smislu člana 4(2) Ženevske konvencije IV. Samim time one, dakle, nisu bile ratne strane-saveznice u smislu člana 4(2) kada su u pitanju kaznena djela proistekla iz sukoba u Srednjoj Bosni.
Raspravno vijeće, dakle, nije pogriješilo kada je konstatiralo da su bosanski Muslimani bili zaštićene osobe u smislu člana 4 Ženevske konvencije IV.”