Nakon osnivanja stranke HDZ BiH i četiri mjeseca prije proglašenja nezavisnosti Bosne i Hercegovine, HDZ BiH je odlukom od 18. studenoga 1991. uspostavio Hrvatsku zajednicu Herceg Bosne (HZ HB) na području zapadne i središnje Bosne i Hercegovine sa sjedištem u Mostaru kao političku, kulturnu, ekonomsku i teritorijalnu cjelinu. Ovoj zajednici kasnije će biti pridruženi i dijelovi Bosanske Posavine s većinskim hrvatskim stanovništvom, a Ustavni Sud BiH će osporiti postojanje ove zajednice odlukom od 14. rujna 1992. Godine 1993. HZ HB promijenila je ime u Hrvatska Republika Herceg-Bosna (HR HB). Sudska vijeća MKSJ-a u predmetima Blaškić (IT-95-14), Kordić i Čerkez (IT-95-14/2) i Naletilić i Martinović (IT-98-34) su utvrdila kako su politička vodstva HZ HB (HR HB) i Republike Hrvatske imala politički cilj odvajanja ovog teritorija od Bosne i Hercegovine i pripajanja Republici Hrvatskoj kako bi se ostvarilo ujedinjenje hrvatskog naroda u jednoj državi koja teži granicama Banovine Hrvatske iz 1939.
Hrvatsko vijeće obrane (HVO) osnovano je 1992. godine kao vrhovno obrambeno tijelo te kasnije i kao upravno i izvršno tijelo HZ HB. Sporazumom o prijateljstvu i suradnji BiH i RH potpisanom između predsjednika Franje Tuđmana i Alije Izetbegovića iste godine, HVO je postao dio Armije BiH.
Međunarodna zajednica je u isto vrijeme tražila političko rješenje sukoba koji su se razbuktavali u Bosni i Hercegovini. Pregovori predstavnika triju naroda u Bosni i Hercegovini uz međunarodne posrednike rezultirali su Vance-Owenovim mirovnim planom (2. siječnja 1993.) po kojem je BiH imala biti unitarnom decentraliziranom državom s 10 provincija, a svaka bi imala lokalnu upravu kojoj bi na čelu bili predstavnici njenog većinskog naroda. Bosanskim Hrvatima su ovim planom dodijeljene provincije 3, 8 i 10 te su njihovi predstavnici u potpunosti prihvatili rješenje predloženo navedenim planom, dok ga bošnjačka i srpska strana nisu prihvatile. Ovaj mirovni plan ubrzao je proces neslaganja između Hrvatske i BiH koji je eskalirao sukobom 1993. godine. Sudska vijeća MKSJ-a su u nekoliko presuda (vidi kasnije) utvrdila da su politička rukovodstva RH i HZ HB ovaj plan unatoč protivljenju bosanskih Muslimana pokušala provesti silom. Prema Vance-Owenovom planu sve jedinice Armije BiH u provincijama koje su proglašene hrvatskim trebale su se odlukom vodstva bosanskih Hrvata podčiniti HVO-u. Nakon što je Armija BiH to odbila uslijedio je veliki broj sukoba koji su sa sobom nosili i počinjenje ratnih zločina i masovnog kršenja ljudskih prava na području srednje Bosne i zapadne Hercegovine od strane pripadnika HVO-a i Armije BiH. Sukob je službeno prekinut Washingtonskim sporazumom koji su 18. ožujka 1994. godine potpisali premijer BiH Haris Silajdžić, ministar vanjskih poslova RH Mate Granić i predsjednik Herceg-Bosne Krešimir Zubak.
Presuda Raspravnog vijeća
Raspravno vijeće u predmetu Prlić i drugi odlukom od 29. svibnja 2013. godine je presudilo da su pripadnici HVO-a od siječnja 1993. do travnja 1994. godine počinili sljedeće zločine:
- Ubojstva civila bosanskih Muslimana koja nisu bila pripadnici oružanih snaga, masovna protupravna uhićenja bosanskih Muslimana te zlostavljanje i maltretiranje stanovništva u zatočeničkim centrima na područjima HZ (R) HB.
- Osnivanje mreže zatočeničkih centara – “držanje” više tisuća civila i ratnih zarobljenika bosanskih Muslimana u teškim uvjetima koji nisu u skladu s međunarodnim pravom u zatočeništvu u zatvorima u Sovićima, Ljubuškom, Dretelju, Gabeli i Heliodromu u blizini Mostara.
- Uništavanje stambenih i civilnih objekata (uključujući i kulturnu baštinu), deložacije, sustavno protjerivanje, prisilno premještanje stanovništva, protupravna uhićenja civila, protupravno postupanje s ratnim zarobljenicima, zlostavljanje, pljačka i ubojstva tokom vojnih operacija HVO-a. Zločini su počinjeni u Gornjem Vakufu, Jablanici, Prozoru, Stolcu, Mostaru, Stupnom Dolu, Čapljini, Sovićima, Doljanima, Raštanima i drugim mjestima srednje Bosne i zapadne Hercegovine.
- Granatiranje, napadi i ranjavanje članova međunarodnih organizacija.
- Blokiranje pristupa humanitarnim konvojima za muslimansko stanovništvo.
Na temelju utvrđenih činjenica u sudskom postupku Raspravno vijeće je zaključilo da je došlo do počinjenja idućih kaznenih djela:
Zločini protiv čovječnosti – progoni na političkoj, rasnoj i vjerskoj osnovi, ubojstvo, silovanje, deportacija, prisilno premještanje kao nehumano djelo, zatvaranje, nehumana djela
Teške povrede Ženevskih konvencija iz 1949. godine – okrutno postupanje, protupravni fizički rad, bezobzirno razaranje koje nije opravdano vojnom nuždom, protupravno zatočavanje civila, deportacija, premještanje, nečovječno postupanje, oduzimanje imovine
Kršenje zakona i običaja ratovanja – Okrutno postupanje, protupravni fizički rad, razaranje koje nije opravdano vojnom nuždom, uništavanje i nanošenje štete religijskim objektima, pljačkanje javne ili privatne imovine, protupravni napad na civile
Raspravno vijeće MKSJ-a donijelo je odluke o kazni za optužene kako slijedi:
Jadranko Prlić – Predsjednik HVO-a i predsjednik Vlade HR H-B – 25 godina zatvora
Bruno Stojić – Načelnik Odjela obrane, zadužen za većinu sastavnica oružanih snaga HVO – 20 godina zatvora
Slobodan Praljak – obnašao funkcije u Ministarstvu obrane RH, zapovjednik Glavnog stožera HVO-a – 20 godina zatvora
Milivoj Petković – načelnik Glavnog stožera HVO-a, zamjenik vrhovnog zapovjednika snaga HVO-a – 20 godina zatvora
Valentin Ćorić – načelnik Uprave vojne policije HVO-a, ministar unutarnjih poslova HR H-B – 16 godina zatvora
Berislav Pušić – Zadužen za kontrolu u kriminalističko-istražnom odjeljenju Uprave vojne policije; predsjednik Službe za razmjenu zarobljenika i drugih osoba; na čelu komisije kojoj je povjerena uprava nad svim zatvorima i zatočeničkim centrima HVO-a; predstavnik HVO-a u odnosu na međunarodnu zajednicu i visoke dužnosnike iz Hrvatske i BiH. – 10 godina zatvora
Osim navedenog, Raspravno vijeće utvrdilo je kao i kod nekolicine prethodnih presuda u koje su uključeni pripadnici HVO-a da je sukob između HVO-a i Armije BiH tijekom razdoblja od siječnja 1993. do travnja 1994. godine bio međunarodni oružani sukob te je ocijenilo da su ova kaznena djela počinjena u sklopu udruženog zločinačkog pothvata.