Izricanjem pravomoćne presude u predmetu Prlić i drugi 29. studenoga 2017. pred Međunarodnim kaznenim sudom za bivšu Jugoslaviju (MKSJ) okončat će se dugogodišnji proces ostvarivanja kaznene pravde koji rasvjetljava ulogu hrvatskih političkih i vojnih čelnika u ratu u Bosni i Hercegovini (BiH) te utvrđuje odgovornost za počinjenje nekih od najtežih kršenja međunarodnog humanitarnog prava i običaja ratovanja na području BiH devedesetih godina prošlog stoljeća.
Republika Hrvatska dužna je provoditi mehanizme tranzicijske pravde neovisno o presudi Žalbenog vijeća u predmetu Prlić i drugi. U dosadašnjim predmetima raspravna i žalbena vijeća MKSJ-a su utvrdila da je između Republike Hrvatske i Bosne i Hercegovine postojao međunarodni sukob, da su politička rukovodstva RH i HZ(R) HB imala politički cilj odvajanja HZ(R) HB iz BiH i priključenja Republici Hrvatskoj te da je postojala smišljena kampanja progona bosanskih Muslimana s teritorija HZ(R)HB koja je uključivala i počinjenje ratnih zločina i masovnog kršenja ljudskih prava.
Neovisno o odluci koju će donijeti Žalbeno vijeće MKSJ, Republika Hrvatska zbog prethodno utvrđenog sudjelovanja u ratu u Bosni i Hercegovini te agresivnog karaktera tog sudjelovanja, ima političku i moralnu obvezu uložiti sve moguće napore kako bi se ostvarila pravda i uputile reparacije žrtvama zločina u BiH. Ostvarenje ovih mehanizama ne smije ovisiti niti o odluci o krivnji i u tom smislu eventualno odmjerenoj kazni te stavu o pravnoj kvalifikaciji udruženog zločinačkog pothvata kao i sudjelovanju političkog i vojnog rukovodstva RH koje čine Franjo Tuđman, Gojko Šušak i Janko Bobetko. Također, ukoliko bi Žalbeno vijeće pravomoćnom presudom potvrdilo postojanje UZP-a i sudioništvo Tuđmana, Šuška i Bobetka u njemu to bi ukazalo na još veću političku i moralnu odgovornost institucija Republike Hrvatske da rade na ostvarenju pomirenja.
U cilju ostvarenja pravde i neponavljanja masovnog kršenja međunarodnog humanitarnog prava i ljudskih prava, Republika Hrvatska trebala bi uspostaviti:
- program reparacija za sve žrtve zločina koje su počinili pripadnici HVO-a, a nad kojima je rukovodstvo RH imalo sveobuhvatnu kontrolu od siječnja 1993. do travnja 1994.,
- ponovnu suradnju pravosudnih tijela RH s istim tijelima u BiH u kaznenim stvarima koja je onemogućena 2015. odlukom Vlade RH,
- institucionalizirani program memorijalizacije koji uključuje: podizanje spomenika, uspostavu dana sjećanja na žrtve zločina te javnu ispriku predstavnika vlasti Republike Hrvatske žrtvama počinjenih zločina.